Ректоры университетов назначаются на должность и освобождаются от должности, в том числе досрочно, президентом РФ. Этот пункт вызывал наибольшие споры: некоторые представители общественности видели в этом покушение на университетские свободы.

В законопроекте также устанавливается крайний срок полномочий ректоров - пять лет. По истечении этого времен, однако, ректор может быть снова назначен на новый срок, причем даже по достижении ректором пределльного возраста, установленного для замещения должности ректора государственного высшего учебного заведения, президент РФ вправе дважды продлевать его полномочия.

На состоявшейся 28 сентября пресс-конференции ректор СПбГУ Николай Кропачев отметил, важно различать научную и учебную работу вуза и административно-хозяйственную сторону. Если в первой необходима демократия, обсуждения и дискуссии, то вторая часть работы университета предполагает четкий контроль. Поэтому, считает Кропачев, назначение ректоров СПбГУ и МГУ не должно стать проблемой: в своей административной "ипостаси" ректор отвечает за использование материальных ресурсов университета и расходование средств, которые ему дает государство. В этом случае назначение ректоров – логично. «Но не думаю, что назначение ректора скажется на решении вопросов, которые всегда подлежали свободному обсуждению: кого учить, как учить, какие образовательные программы лучше, а какие хуже. Эти вопросы всегда решались и будут решаться коллегиально, открыто и свободно на всех университетских уровнях, начиная с факультетов и заканчивая Ученым советом и Сенатом», — отметил Кропачев.

По утвержеднному Думой законопроекту, Университеты наделяются правами получателей и главных распорядителей средств федерального бюджета, а также возможностью осуществлять свою деятельность в соответствии с госзаказами. Они самостоятельно устанавливают образовательные стандарты и требования, а также вправе проводить дополнительные вступительные испытания профильной направленности, помимо ЕГЭ.Кроме того, выпускники этих университетов будут получать дипломы особого образца с гербовой печатью РФ.