1 ноября 2009 на заседании Совета судей РФ состоялось обсуждение опубликованных летом и осенью этого года интервью судей Конституционного суда Владимира Ярославцева и Анатолия Кононова.
Как пишет "Коммерсант", "впервые в истории пленум КС предъявил судьям Кононову и Ярославцеву в связи с их интервью с критикой российской судебной системы" обвинения в "нарушении судейской этики. На заседании Совета судей был принят самоотвод судьи КС РФ Владимира Ярославцева из состава совета и его президиума, где он представлял Конституционный суд.

Отставкам А.Л. Кононова и В.Г.Ярославцева посвящена сегодняшняя (03.12.2009) редакционная статья в "Ведомостях" - "Немая Фемида":
"Оба судьи подверглись порицанию коллег за резкие высказывания в интервью российским и зарубежным СМИ: Ярославцев назвал нынешнее состояние отечественной судебной системы «руинами правосудия», Кононов оценил замену избрания главы КС и его заместителей их назначением по представлению президента (соответствующие поправки в закон «О Конституционном суде» приняты в июне 2009 г.) как «неуважительную и недемократичную» процедуру.

Это была лишь последняя капля: обоих судей подвергли остракизму, что называется, «по совокупности заслуг». За последние пять лет Кононов высказал 15 «особых мнений», отличающихся от официальных трактовок Конституционного суда. Особое мнение судьи — норма закона о КС, его в 2004-2009 гг. высказывали 10 судей. Но Кононов — не только чемпион по числу таких мнений. Он высказывал собственную, отличную от мнения Кремля и силовиков точку зрения по вопросам, которые были принципиально важны для них. Вместе с Ярославцевым Кононов посчитал в декабре 2005 г. отмену прямых выборов губернаторов противоречащей Конституции. В этом году он назвал неправильным отказ высшей судебной инстанции принять жалобы Михаила Ходорковского на нормы статей Уголовного кодекса о мошенничестве и растрате, а журналиста Натальи Морарь — на закон «О порядке въезда и выезда в Российскую Федерацию».

Председатель КС Валерий Зорькин, выдвигая официальную версию об отставке Кононова «по состоянию здоровья», вероятно, сам того не желая, верно отразил общее отношение власти к суду. Отношение, при котором особое мнение судьи и, если смотреть шире, стремление людей в мантии к независимости во взглядах и решениях считается болезнью, требующей немедленного лечения. Вплоть до хирургического вмешательства. Вспомним, что два года назад Верховный суд покинули сразу два заместителя председателя — Владимир Радченко и Виктор Жуйков. Официальные причины их отставки не могли завуалировать того, что оба не стеснялись высказывать собственное мнение, которое не совпадало с официальной позицией. Радченко был одним из инициаторов создания административных судов, в которых граждане могли бы без излишних проволочек решать свои споры с чиновниками.

Жуйков публично высказался против возможного переезда суда в Петербург. Наконец, оба демонстративно покинули зал заседания президиума ВС, который в 2004 г. снял с выборов губернатора Псковской области оппозиционного кандидата Михаила Хоронена.

Истории, подобные отставкам Кононова, Радченко и Жуйкова, ясно показывают служителям Фемиды границы их независимости. Они демонстрируют, что даже судьи высших судов могут лишиться мантии, если ставят закон и право выше интересов исполнительной власти и мнения первых лиц. Что уж говорить о регионах, где местные чиновники и силовики нередко относятся к суду примерно так же, как синьор Помидор в сказке Джанни Родари к адвокату Горошку: «Ну, ежели с дипломом и званием, так, стало быть, вы подтвердите, что я прав. А затем можете убираться восвояси». Сами чиновники при этом могут дискредитировать судей и не нести за это ответственности. Главный санитарный врач Геннадий Онищенко, обвинивший судью Останкинского суда Москвы Светлану Михалину в «тенденциозном и небескорыстном» рассмотрении дела об аресте партии грузинского вина, не понес никакого наказания. Не получили правовой оценки и многочисленные эскапады московского мэра Юрия Лужкова в адрес арбитражных судов, решавших дела не в пользу столичных властей.

Интервью, послужившее поводом для отставки А. Кононова было опубликованл 27 октября 2009 в "Собеседнике" (автор Лиана Налбандян) - "Независимых судей в России нет".

Фрагмент интервью:
<...>
– Сколько раз вы заявляли особое мнение?
– Уже где-то больше 50.

– Особое – это когда коллеги принимают общее решение, а вы пишете, что оно противоречит Конституции. И что это дает, кроме очистки совести?
– Ну, оно все же публикуется, многие мне пишут, что вот мы с вами согласны. Законодатель тоже иногда читает, и что-то реально меняется. По УК я много высказывал особых мнений, я все же специалист по уголовному праву.
По УК мы вообще очень много работали в 90-е годы. Пока депутаты не могли принять новый кодекс, нам приходилось своими решениями старый фактически переписывать. Там у меня тоже немало было особых мнений. Но в итоге приняли новый документ, и последние годы у нас его все ужесточают, ужесточают. Сейчас достигли пика.

– Но Медведев вот недавно высказался за гуманизацию…
– Не знаю, наоборот, у нас считается, что чем строже наказывать, тем эффективнее. И это тоже такой политический козырь, мол, давайте усилим наказание за совращение малолетних, за наркоманию. Меньше преступлений от этого не становится. А уровень уголовной репрессии у нас и так запределен.

– Кстати, вы когда-то писали закон о жертвах политических репрессий. Сейчас они у нас есть, как вы думаете?
– Да, конечно. Та же журналистка Морарь подходит. Ее выдворили с мотивировкой, что представляет опасность для государства. Ее вопрос, кстати, решался и у нас, и у меня тут тоже было особое мнение. Да и все те, кому запрещают митинги и демонстрации, кого привлекают за это к ответственности – они тоже вписываются. Вообще, конституционное право на мирные собрания у нас часто нарушается. Я по этому поводу тоже высказывался.

– Ходорковский, Алексанян – тоже репрессированные?
– Я бы не назвал их политическими. Это немного другое.

– Но все-таки вы до КС еще работали в Комиссии по помилованию. Тогда бы их помиловали?
– Конечно. Ельцин даже личных своих врагов типа Руцкого и Хасбулатова прощал. Сейчас-то вообще нет никакого помилования, и комиссию эту давно разогнали. Вообще, времена изменились, и тут многое субъективно…

– Но Конституция у нас та же. То, что записано на бумаге, все же на благо человека?
– Ну да, в теории она вполне на уровне. На практике же многие наши права очень сужены – избирательные, право на свободу слова. Начиная от назначения губернаторов, против которого я также выступал. И кончая последними региональными выборами – у нас сейчас по ним сотни обращений. Все больше от тех, кто пытался избраться. В принципе сейчас можно выдвинуться только от партии, только она остается субъектом политического процесса. Возможность самовыдвижения на практике сведена к нулю из-за произвола избирательных комиссий. Встает вопрос: есть ли вообще частное право у гражданина быть избранным? Ну и конечно, полно обращений от всех конкурентов «Единой России».

– А по поводу продления президентского срока у вас тоже было особое мнение?
– Можно предположить. Но я не могу об этом говорить. В законе записано, что существует потенциальная возможность жалобы на эту поправку, так что судья по этому поводу высказываться не может. Нелепо, конечно.

– Еще по Конституции у нас права человека выше прав государства.
– Да. Многие решения КС касаются этого. И они часто не совсем понятны. Есть конфликт между разными ценностями – человеком и властью, гражданином и государством. И судьи считают, что ищут баланс. Но он ясно в какую сторону всегда.
<...>"

Политолог Алексей Макаркин в интервью Полит.ру комментирует отставку Анатолия Кононова:

"<...> Дело в том, что Конституционный суд - это особый суд. Он должен, в частности, защищать конституционные права человека, права человека, которые записаны в Конституции, которые подвергаются угрозе, которые нарушаются, ущемляются. Он должен защищать Конституцию, которая у нас, по сути, является правозащитным документом. Это либеральная конституция, принятая в 93-м году». «Оба эти судьи, и Кононов, и Ярославцев, и старались, насколько было в их силах, защищать конституционную этику. А эта система конформистская, большинство суда, как я понимаю, отторгла Кононова и настаивала на том, чтобы Ярославцев ушел из совета судей. Я думаю, что это весьма негативный процесс».