Внимание петербургских правозащитников оказалось прикованным к университету в связи с многочисленными скандалами, разгоревшимися в крупнейшем вузе города после прихода нового ректора. По мнению членов совета,  причиной возникновения конфликтов является авторитарный стиль управления, насаждаемый ректором, пренебрежение нормами Устава СПбГУ, неуважение к традициям вуза.
Правозащитники обратили внимание на серьезные нарушения, допущенные руководством университета за последние полтора года. В частности, в нарушение требований Устава ректору было предоставлено право назначения и увольнения деканов, сам ректор одновременно занимает в университете сразу несколько постов, преподаватели и студенты, несогласные с политикой руководство, подвергаются гонениям, возбуждены уголовные дела в отношении деканов факультетов медицинского и журналистики. Несмотря на то, что ни одному из них так и не было предъявлено обвинение, декан медицинского факультета был уволен, а декан факультета журналистики отстранена от работы.
Сегодня в стенах СПбГУ грубо попираются принципы университетской демократии, демонстрируется открытое неуважение к мнению членов Ученых советов факультетов.
В связи с этим было принято решение направить Президенту РФ Дмитрию Медведеву заявление с призывом вмешаться в ситуацию и обеспечить восстановление норм университетской демократии в стенах Санкт-Петербургского государственного университета. 

2 декабря 2009, Санкт-Петербург

Правозащитный совет Санкт-Петербурга выражает свою тревогу по поводу ситуации, сложившейся в последнее время вокруг Санкт-Петербургского государственного университета.

С приходом нового ректора СПбГУ оказался в центре многочисленных скандалов, порочащих имя и репутацию старейшего вуза страны. Причиной возникновения конфликтов, на наш взгляд, является авторитарный стиль управления, насаждаемый ректором, пренебрежение нормами Устава СПбГУ, неуважение к традициям вуза. Вопреки требованиям действующего Устава, в университете вводится практика выборов декана факультета Ученым советом СПбГУ, а не самого факультета. При этом ректору предоставлено право без объяснения причин отказаться от подписания трудового договора с избранным деканом, увольнение декана также может быть осуществлено единоличным решением ректора. Кадровые назначения на факультетах осуществляются с нарушением действующего Положения о факультете. Таким образом попираются принципы университетской демократии, демонстрируется открытое неуважение к мнению членов Ученых советов факультетов.

При этом сам ректор, совмещая посты ректора СПбГУ, декана юридического факультета и заведующего кафедрой уголовного права, грубо нарушает положения пункта 6 статьи 35 Закона РФ об образовании, гласящего, что: Руководителям государственных и муниципальных образовательных учреждений совмещение их должностей с другими руководящими должностями (кроме научного и научно-методического руководства) внутри или вне образовательных учреждений не разрешается.

В образовательном учреждении, в котором по определению должно быть реализовано право каждого на свободное высказывание своего мнения, преподаватели и студенты, несогласные с политикой нового ректора, подвергаются преследованиям.

Против деканов факультетов медицинского и журналистики, выступивших с критикой деятельности ректора, возбуждены уголовные дела. Несмотря на то, что расследование продолжается уже длительное время, обвинение до сих пор не предъявлено ни одному из них. Решением Василеостровского районного суда декан факультета журналистики отстранена от должности, поскольку, по словам следователя, «она может воздействовать на лиц, выступающих в качестве свидетелей по этому делу и состоящих в ее подчинении». Суд принимает решение, несмотря на то, что доказательств подобного воздействия у следствия нет, постановление выносится на основании предположений следователя. 26 ноября, когда решение суда еще не вступило в законную силу, то есть декан факультета журналистики остаётся на своём посту, подписывается приказ о выводе декана факультета журналистики из состава Ученого совета СПбГУ и Ученого совета факультета.

Студенты, организовавшие в августе одиночные пикеты возле Главного здания СПбГУ, были незаконно задержаны милицией. Незаконность их задержания была в дальнейшем подтверждена в суде.

Правозащитный совет Санкт-Петербурга считает нетерпимыми подобные нарушения прав и свобод личности, действующего законодательства, Устава СПбГУ, университетских традиций. Мы призываем Президента Российской Федерации Д.А.Медведева, Правительство Российской Федерации разрешить конфликт и обеспечить восстановление норм университетской демократии в стенах Санкт-Петербургского государственного университета.

Правозащитный Совет Санкт-Петербурга был создан в 2007 году. В его учреждении приняли участие крупные общественные и правозащитные организации города – «Мемориал», «За Россию без расизма», «Гражданский контроль», «Лига избирательниц Петербурга», «Солдатские матери Петербурга», правозащитная фракция партии «Яблоко» и другие. Задачей Совета является консолидация усилий в деле соблюдения прав гражданина и человека.